La sede del Centro è posta a metà della collina alberata che sovrasta l'Istituto Teologico. La collina offre la possibilità di comode passeggiate su per i sentieri, che si inerpicano per viste sempre più spaziose. Origine: Il Centro di Cultura e Spiritualità dell'ITST è sorto agli inizi degli anni 1980, nella sede dell'Istituto Teologico 'S. Tommaso', per venire incontro alle esigenze di formazione e di spiritualità Finalità: Favorire gruppi che intendono raccogliersi per giornate di riflessione, esercizi spirituali, convegni di studio Gestione: La gestione del Centro è affidata alla Cooperativa S.Tom. a.r.l. Salesiani 'S.Tommaso'; fiscalmente dipende dall'Ispettoria Salesiana Sicula di Catania (P.I. 00552780876).

Dalla sede dell'Istituto Teologico la vista spazia sulla città di Messina, lo Stretto e la costa calabra.
La grande sala di accoglienza, distinta in tre salotti arredati con mobili di stile antico e moderno, è illuminata da un'armonica policromia di luci.
Il Centro dispone di una sala conferenze (120 posti), attrezzata per incontri multimediali, posta al primo piano e di una saletta (50 posti) situata al quinto piano.
È a disposizione la cappella interna con un artistico Crocifisso, unico blocco in legno della scuola di Ortisei (BZ). Gruppi più numerosi si avvalgono della Chiesa "S. Tommaso", che si distingue da tutta la costruzione, elevandosi con plasticità volumetrica, realizzata dall'architetto F. Rovigo a forma di tenda. Nella planimetria richiama il classico schema a croce latina, libero da rigidi geometrismi. La vetrata dell'abside offre la visione meditativa del progetto di salvezza della Trinità per il mondo. La chiesa è dotata di un magnifico organo a canne della ditta Fratelli Ruffatti di Padova.
Il Centro accoglie per periodi anche prolungati: 70 camerette singole e 10 camere doppie, tutte con servizi interni e climatizzate, sono poste in modo da poter ammirare lo stupendo panorama dello Stretto. L'ampia sala da pranzo con terrazzo di fronte allo stretto di Messina è capace di accogliere ospiti fino a 150 posti. Sono climatizzati gli ambienti di soggiorno: sala conferenza, cappella, chiesa, sala mensa, camerette.